В этом мире два года пролетели как мгновение. Бывшие новички присоединились к рядам опытных синоби в ранге дзенин и тюнин. Все это время главные герои не сидели сложа руки – каждый из них подался в ученики к одному из прославленных Саннин – трех величественных ниндзя Конохи. Парень в оранжевых одеяниях, шаг за шагом постигая мудрость боевого мастерства, продолжил свое просвещение у эксцентричного, но мудрого Дзирайи. Сакура стала доверенным лицом и помощницей целительницы нового вождя деревни – мудрой Цунадэ. Ну а гордыня Саскэ, из-за которой он был изгнан из Кинохи, заставила вступить его в зловещий союз с Оротимару, причем каждый из них искренне верит, что использует другого, и конечно до определенной поры…