В сериале «Мутанты Икс» главными героями выступают мутировавшие люди, которые вследствие эксперимента превратились в отшельников. По заказу правительства, одна из организаций тайно проводит научные опыты, в результате которых подопытные стали обладать сверхъестественными способностями. Но все пошло не так, как было задумано, и создатели мутантов стремительно начинают от них избавляться.

Ученый Адам, непосредственный участник в разработке данного эксперимента, решает спасти несчастных. Он создает команду «Мутанты Икс», состоящую из четырех супергероев. Их главная задача состоит в том, чтобы найти остальных мутантов и научить их справляться со своими фантастическими способностями, а также уберечь всех, подвергшихся эксперименту от своих создателей, а конкретно от их так называемого спасителя Адама.