Проект "Атом: Начало" отсылает зрителей к событиям, которые произошли задолго до рождения легендарного Астробоя. В центре внимания истории оказываются события, произошедшие в Японии. Страна пережила не лучшие времена, однако дела идут все лучше и лучше. Сюжет затрагивает двух по-настоящему гениальных людей - Умату Тенму и Хироси Отяномидзу. Персонажи мечтают о том, чтобы изменить будущее, поэтому работают над решением проблем, актуальных в их время. Тенма работает над разработкой "Бога", который сможет изменить мир, став высшим существом на планете. Отяномидзу же старается создать существо, равное по возможностям человеку. Чье же изобретение окажется более полезное?