События разворачиваются через пять лет после первого появления Годзиллы. В центре сюжета находятся члены секретного правительственного агентства, занимающегося выслеживанием и изучением титанов — гигантских монстров, которые когда-то были полноправными хозяевами планеты. Сотрудники организации считают, что сведения о некоторых древнейших титанах, включая Мотру, Родана и Гидору, не более чем вымысел, однако вскоре они убеждаются в своей неправоте, когда легендарные существа начинают пробуждаются из-за действий эко-террористов...