Это вторая часть фанатического боевика, в котором отряд «G.I. Joe» продолжает бороться с преступными и террористическими группировками, стремящимися покачнуть мировой баланс. После того, как они выполняют очередное задание, на их место дислокации совершается нападение, и почти все члены отряда погибают.Но выжившие не собираются произошедшее просто так оставлять, и начинают расследование, которое приводит их в Белый Дом, где в облике президента Соединенных Штатов Америки скрывается Зортан, член группы «Кобра», который и отдал приказ на уничтожение «G.I. Joe». Получив поддержку со стороны генерал Джозефа Колтона, группа вступает в схватку с террористами.На сайте представлена режиссёрская версия фильма.